Просмотры:0 Автор:Pедактор сайта Время публикации: 2023-01-19 Происхождение:Работает
В январе 2023 года в лаборатории Министерства здравоохранения Буркина-Фасо опубликовала статью « Сравнительная оценка автоматизированной системы очистки гибкой очистки Kingfisher 96 (Thermofisher Scientific) и ручной вирусной РНК-миной комплект (Qiagen) для SARS-COV - 2.
В этом исследовании исследуется создание новой системы обнаружения Covid-19, используя набор без экстракции Covid-19 для RANCEURE для сравнения эффективности двух платформ экстракции нуклеиновых кислот, Qiagen и Kingfisher, сосредоточившись на быстром молекулярном обнаружении инфекции Covid-19. И в качестве важного клинического метода обнаружения патогенов, чтобы обеспечить быстрый и точный скрининг и диагностику пациентов с инфекцией COVID-19. Результаты этого исследования показывают, что метод автоматической экстракции системы очистки изгиба Kingfisher Flex 96 (термофишера) менее чувствителен и специфичен, чем метод ручной экстракции вирусной РНК -набора вирусной РНК (Qiagen).
Название: Сравнительная оценка автоматизированной системы очистки гибковой очистки Kingfisher 96 (Thermofisher Scientific) и ручной методы экстракции вирусной РНК Qiaamp (Qiagen) для SARS-COV-2
Журнал: ' Африканский журнал клинической и экспериментальной микробиологии '
Единица: Министерство здравоохранения Буркина -Фасо
Опубликовано: январь 2023 года
Исследовательская платформа: дождь новый комплект для добычи коронарной добычи
Эффективность экстракции нуклеиновой кислоты образцов SARS-COV-2 напрямую влияет на качество испытаний обратной транскрипционной полимеразной цепной реакции (RT-PCR), что приводит к ошибкам в диагностике новой коронарной пневмонии. Целью этого перекрестного исследования было оценка диагностических характеристик системы 96 очистки с гигиены автоматической экстракции.
С октября по декабрь 2020 года образцы были собраны из подозреваемых импортированных случаев или контактов с коронавирусом Burkina Faso, и было протестировано 159 образцов мазки носоглотки и 120 замороженных носоглоточных образцов. Для обнаружения продуктов, извлеченных двумя методами, использовали Fastplextm Triplex 1-Step Covid 19 Covid 19 (RT-PCR, экстракция РНК), а ПЦР-амплификация была завершена в термоциклере QuantStudio5 (применяемые биосистемы). Анализ диагностической эффективности обнаружения RT-PCR SARS-COV-2 после экстракции РНК двумя методами был завершен с использованием онлайн-программного обеспечения OpenEPI (рис. 1).
Рисунок 1: Поточная схема стадий анализа для свежих (а) и замороженных (б) образцов
FASTPLEXTM Triplex 1-Step Covid 19 Decited Kit (RT-PCR, РНК-экстракция без экстракции) используется для амплификации системы очистки сгибания Kingfisher 96 (Thermofisher) и вирусной RNA Mini Viral RNA (QIAGEN) на одной и той же пластине ПЦР), полученные двумя методами, целевые генные мишеней в области Amplification Discente Discente-FluorSee-FluorScent): FAM-флуорс-флуорс). и внутренняя ссылка (флуоресцентный краситель CY5) (таблица 1).
Таблица 1: Таблица результатов RT-PCR
Для свежих образцов исследование показало, что положительная скорость ОТ-ПЦР после ручной экстракции была немного выше, чем у автоматической экстракции (12,6% против 9,4%). Для замороженных образцов положительная скорость ручной экстракции была намного выше, чем при автоматическом методе экстракции (38,33% против 20,83%). Результаты показали, что метод автоматической экстракции был менее эффективным, чем ручная экстракция для свежих образцов (чувствительность 35%, специфичность 94,2%) и замороженные образцы (чувствительность 43,5%, специфичность 93,2%). Однако после теста Макнемара с коррекцией Yates для свежих образцов не было значительной разницы в положительной скорости ОТ-ПЦР между двумя методами экстракции (x2 = 0,76, р = 0,38), в то время как в замороженных образцах была значительная разница (x2 = 12,9, р = 0,0003).
Исследование показало, что ОТ-ПЦР-положительная скорость ручной экстракции свежих образцов (12,6%, 20/159) была немного выше, чем у автоматической экстракции (9,4%, 15/159). Семь образцов (4,4%) были положительными как в ручном, так и в автоматическом экстракциях, в то время как 131 образцы (82,4%) были отрицательными. По сравнению с ручной экстракцией специфичность автоматической экстракции составляла 94,2%, чувствительность составляла 35,0%, PPV свежих образцов составлял 46,7%, а NPV составляла 90,9%, но с использованием теста McNemar с коррекцией Yates не было никакой разницы между двумя методами извлечения для свежих образцов. Значительная разница (x2 = 0,76, р = 0,38) (таблица 2А).
Таблица 2А: Сравнительная оценка результатов ОТ-ПЦР после автоматической и ручной извлечения свежих образцов
Для замороженных образцов была значительная разница в положительной скорости ОТ-ПЦР, среди которых метод ручной экстракции составлял (38,33%, 46/120), а метод автоматической экстракции составлял (20,83%, 25/120) (x2 = 12,9, р = 0,0003). Двадцать образцов (16,7%) были положительными как в ручном, так и в автоматическом экстракциях, в то время как 69 образцов были отрицательными (57,5%). По сравнению с ручной экстракцией, автоматическая экстракция имела специфичность 93,24%, чувствительность 43,48%, PPV 80,0%и NPV 72,63%(таблица 2B).
Таблица 2B: Сравнительная оценка результатов ОТ-ПЦР после автоматической и ручной экстракции замороженных образцов
Для свежих образцов система 96 очистки с гибкой кингфишеры автоматической экстракции (Thermofisher) по сравнению с методом ручной экстракции вирусной РНК вирусной РНК (Qiagen), складки амплификации генов ORF1AB и N были 2,36 и 0,81 раза соответственно, что было статистически значимым разницей. Тем не менее, не было значительной разницы между двумя в среднем значении КТ гена N (р = 0,1319). Кроме того, не было существенной разницы между средними значениями КТ внутренних эталонных генов (р = 0,4939) (таблица 3).
Таблица 3: Средние значения КТ гена SARS-COV-2 RT-PCR после экстракции свежих и замороженных образцов
По сравнению с методом ручной экстракции вирусной РНК -мини -комплекта вирусной РНК (Qiagen), система автоматической системы очистки сгибания Kingfisher 96 (Thermofisher) не имеет значительной разницы в среднем значении CT ORF1AB (P = 0,09885). Аналогичным образом, не было существенной разницы между средними значениями КТ генов N между двумя автоматически извлеченными (P = 0,0594). Кроме того, не было существенной разницы между средними значениями КТ внутренних эталонных генов (р = 0,1045) (таблица 3).
Результаты этого исследования показали, что автоматизированная система очистки сгибания 96 (термофишера) системы 96 (термофишир) была менее чувствительной и специфичной, чем метод ручного набора для вирусной РНК вирусной РНК (Qiagen). Эти данные могут использоваться в качестве информации о руководстве для лабораторий для выбора методов экстракции РНК для обнаружения RT-PCR SARS-COV-2.
